In Staffel 2, während der Kampf der CIA gegen den Terror immer näher an die Heimat rückt, rekrutieren Joe, Kaitlyn und Byron eine neue Lioness-Agentin, um eine bisher unbekannte Bedrohung zu infiltrieren. Unter wachsendem Druck von allen Seiten muss Joe sich den tiefgreifenden persönlichen Opfern stellen, die sie als Leiterin des Lioness-Programms gebracht hat.