Captain N & the Adventures of Super Mario Bros. 3 erzählt die Abenteuern von einem Teenager, der in seinen NES gebeamt wurde und von nun an gegen das Böse kämpft. In Super Mario Bros. 3 kriegt Bowser alias König Kooper Verstärkung: Mit seinen Kindern greift er erneut Prinzessin Toadstolls Reich an und Mario und Luigi eilen zu Hilfe.