Die Ninja kommen den Zwillingsbrüdern Acronix und Krux langsam auf die Schliche. Nya und die anderen Ninja versuchen, Zane zu reaktivieren und kommen dabei der Wahrheit ein ganzes Stück näher. Jetzt müssen sie nur noch Kai finden, um ihm zu helfen. Die Meister der Zeit haben inzwischen eine kleine Armee aufgestellt, unter der Führung von drei eigenwilligen Kommandanten.