Kowalskis neueste Erfindung, die Strahlenkanone, soll eigentlich verdorbene Nahrung wieder in einen frischen Zustand umwandeln. Allerdings landet sie unfreiwilligerweise in der Kanalisation und feuert zuvor auch noch auf Skipper, der sich umgehend in einen kleinen, süßen, flauschigen Babypinguin zurückverwandelt. Um das rückgängig zu machen, muss die Kanone wieder her. Private, Kowalski und Rico geben Baby-Skipper in die Obhut von King Julien und tauchen in das Reich des Rattenkönigs ab...