Urahara y Hiyori llegan al Nido de gusanos, que es el lugar donde encierran a los Shinigami que no han cometido crímenes pero que son considerados peligrosos, allí le pide a Mayuri Kurotsuchi que se una a la organización de desarrollo tecnológico que piensa crear a cambio de salir de su encierro. Mientras tanto Aizen conoce a un niño genio que se graduó en sólo un año, Gin Ichimaru. Rápidamente avanzan 9 años, algunos Shinigami son afectados por un extraño virus.