Goemon regresa a Iga después de diez años, solo para encontrar a su maestro, Jinen, cerca de la muerte. Antes de expirar, le dice a Goemon que su discípulo menor, Hissatsu Jinkuroo, robó la mitad del Pergamino de los Secretos del Iga Ninja, que contiene un mapa que muestra la ubicación del Tesoro de Iga. También le da a Goemon la porción restante del pergamino, con el resto del mapa. Jinkuroo, sabiendo que no tiene ninguna posibilidad en una pelea directa contra Goemon, se ha arrestado audazmente, con la esperanza de ser encarcelado y, por lo tanto, fuera del alcance de Goemon. ¡¿Cómo será el juicio y el duelo a muerte ?!