Gibbs sigue convaleciente tras ser víctima de un atentado terrorista. Su equipo, tras una ardua investigación, averigua que los terroristas planean un nuevo ataque, quizá de las mismas dimensiones del 11-S. Gibbs es el único que de verdad tiene información eficaz acerca del caso, pero tras la explosión sufre amnesia temporal de parte de sus recuerdos. El NCIS al completo trabajará para frenar los objetivos de los terroristas.