Tom Sawyer et Becky Thatcher se perdent dans une grotte lors de leur sortie scolaire. Leur professeur et les autres élèves ne les regrettent pas et les laissent derrière eux. De retour à Saint-Pétersbourg, l'instituteur apprend que deux élèves ont disparu. L'agent de police Moeller lance une opération de recherche. Pendant ce temps, dans la grotte, Tom rencontre Injun Joe et s'enfuit avec Becky, qui trouve une sortie inconnue. Le juge Thatcher donne l'ordre de fermer l'entrée de la grotte. Lorsque Tom entend cela, il lui dit qu'Injun Joe pourrait bien être encore dans la grotte.