Moro parvient à s'emparer du bâton de Sensei Wu sur lequel est inscrit un message codé conduisant à la tombe du premier maître du Spinjitzu. Cette tombe contient un pouvoir immense, et les Ninjas doivent la trouver avant Moro. Pour cela, ils doivent déchiffrer le code du message dont ils ne connaissent qu'un symbole, celui de l'Airjitzu. Cet art martial disparu est expliqué dans un parchemin volé. Afin de sauver Lloyd et retrouver leurs pouvoirs, les Ninjas partent en quête de ce parchemin...