L'équipe du NCIS escorte le chef des opérations navales, qui a reçu des menaces de mort par un groupe de défenseurs des droits de l'homme. Au cours de cette mission, McGee abat un homme qui semblait le menacer, seulement aucune arme n'est retrouvée. Par ailleurs, l'homme abattu se révèle être un policier en mission d'infiltration auprès d'un trafiquant de drogue. Alors que Jenny Shepard collabore avec la police pour déterminer s'il y a eu une bavure, Gibbs et son équipe font leur possible pour prouver l'innocence de McGee.