Le NCIS doit poursuivre son enquête, sans l'aide précieuse de Gibbs qui souffre toujours d'amnésie. Jenny Shepard contacte Muse Watson, l'ancien patron et mentor de Gibbs, qui lui apprend les événements importants de cette dernière décennie, comme l'attaque du 11 septembre 2001. L'enquête du NCIS révèle que Gibbs est le seul à avoir des informations sur la prochaine attaque terroriste ; il doit absolument retrouver la mémoire pour éviter un nouveau drame.