Après avoir capturé un trafiquant d'armes international, impliqué dans le trafic de diamants contre des armes - notamment des missiles de croisière - le NCIS découvre que le système d'armes top secret de la Navy (Ares) est sur le point d'être vendu à un autre trafiquant d'armes d'envergure internationale appelé "La Grenouille". L'équipe de Gibbs fait appel aux compétences de Ducky : celui-ci va travailler sous couverture et tenter d'entrer en relation avec "La Grenouille" qui souhaite acheter le logiciel d'espionnage Ares. Mais alors que le NCIS est prêt à passer à l'action, ils découvrent qu'une autre agence gouvernementale a changé les plans concernant le trafiquant. Gibbs devient suspicieux lorsqu'il se rend compte que Jen Shepard semble mener une vendetta personnelle envers "La Grenouille"...