A második évadban az U.S.S. Enterprise Christopher Pike kapitány parancsnoksága alatt egyre veszélyesebb kalandokkal szembesül, feltérképezetlen területeket fedez fel, és új életekkel és civilizációkkal találkozik. A legénység személyes utakra is indul, amelyek továbbra is próbára teszik elhatározásukat és újradefiniálják sorsukat. Az új és ismerős barátokkal és ellenségekkel szembenézve kalandjaik soha nem látott meglepő módon bontakoznak ki.