Az Egyesült Államok elnöke a különgépére hívja meg ebédre az egyik új parancsnokot. A parancsnok azonban az ebéd után rosszul lesz és furcsa körülmények között meghal. Néhányan az elnök elleni merényletre gyanakodnak és az NCIS-t is beavatják a nyomozásba. Leroy Jethro Gibbs, az NCIS vezetője kénytelen bevonni egy titkos-ügynököt, Caitlin Todd-ot is. A lánynak pedig kissé furcsának tűnnek az NCIS eszközei.