Mack conduce Hunter al cospetto di Robert Gonzales e degli altri leader del "vero S.H.I.E.L.D.", i quali gli rivelano che tale organizzazione è fondata, a differenza di quella di Fury, sulla totale trasparenza; motivo per il quale non hanno fiducia nella leadership di Coulson, che ritengono troppo simile a quella del suo predecessore e, dunque, una possibile minaccia. Contemporaneamente, seguendo il consiglio di Garner, Coulson rimuove Skye dal servizio attivo e la porta in un rifugio segreto equipaggiandola con dei guanti speciali progettati per diminuire la portata dei suoi poteri sismici; l'uomo le chiede di trovare un modo per controllare le sue nuove abilità dicendosi convinto che possa riuscirci. Ward e l'Agente 33 rintracciano intanto il creatore del velo fotostatico così da riparare quello indossato dalla donna fornendole inoltre un upgrade che le permetta di replicare le fattezze di chiunque desideri ma, nonostante ciò, essa si sente comunque priva di una propria identità poiché il lavaggio del cervello dell'HYDRA le ha cancellato i ricordi; per aiutarla a superare il trauma Ward, che sembra esserlesi affezionato, l'aiuta ad infiltrarsi nella base di Talbot in cui è rinchiuso Bakshi prelevandolo dalla sua cella. Alla portaerei Iliad, sede del "vero S.H.I.E.L.D.", Hunter riesce nel frattempo a fuggire impossessandosi di un sommergibile a seguito di un'accesa discussione con Bobbi che, dunque, decide di prendere in mano la situazione ed attaccare lo S.H.I.E.L.D. di Coulson prima che l'ex-marito faccia saltare la sua copertura.