Alcune prove sono scomparse dal fascicolo sul Becchino e Brennan e Hodgins sono sospettati di averle sottratte. La situazione precipita quando Booth viene rapito dal Becchino e per liberarlo vuole tutte le prove a suo carico. Mentre la squadra fa di tutto per salvarlo, Booth non rimane con le mani in mano e grazie a un amico del suo passato riesce a sconfiggere il piano del Becchino.