Erin Kendall,impiegata del Ministero della Difesa, afferma di aver visto compiersi un omicidio di un militare della Marina nell'appartamento di fronte al suo. Il caso viene affidato a Tim che pensa di potersela cavare da solo. L'indagine si concentra sulla scomparsa di un marinaio e sul proprietario dell'appartamento nel quale è avvenuto l'omicidio, un uomo che sembra non esistere. McGee stabilisce un profondo legame con Erin, suscitando la gelosia di Abby. Quando viene rinvenuto il cadavere del marinaio, Kate e Tony appurano che si tratta della stessa persona che, con un nome falso, ha affittato l'appartamento. Da tempo, oltre al suo lavoro nella Marina, l'uomo arrotondava facendo il sicario. L'assassino agisce di nuovo ed uccide Erin davanti agli occhi di Tim, eliminando così l'unica testimone.