Due ragazzi durante una corsa in bici a Rock Creek Park scoprono nel lago il cadavere di Carrie McClellan, capitano di corvetta di stanza al Pentagono ed addetta alle relazioni del Congresso per l'Ufficio Affari Legislativi della Marina. All'Ncis Ziva regala una tortina ad Abby per averla ospitata a casa sua per la notte e Tony stuzzica Ziva per sapere se hanno dormito insieme. Durante la raccolta delle prove sta per iniziare a piovere e Gibbs mette fretta al team per non perdere le prove, ma lui riceve una telefonata e scappa senza motivo lasciando di stucco Tony, McGee e Ziva. Gibbs incontra di nascosto un senatore suo amico da quando, insieme, erano entrambi in servizio in Iraq. Il senatore chiama Gibbs con il nomignolo Gunny e gli confessa che aveva una relazione con il capitano di corvetta morto. Il senatore cerca di discolparsi dicendo che qualcuno lo vuole incastrare perché sta per fare approvare una legge che abbasserà i consumi di carburante e le compagnie petrolifere non ne saranno sicuramente entusiaste. Al Direttore dell'Ncis arriva una telefonata fatta con un programma digitale che dice dove si trova l'arma del delitto. Tony e McGee vanno a recuperare l'arma in un canale putrido e McGee cade nella melma perché Tony non riesce a tenerlo. Tale pistola conduce al senatore. Un'altra telefonata giunge al Direttore dell'Ncis e dice perché Gibbs sta coprendo un suo vecchio amico. Il Direttore telefona a Gibbs ma questo arriva in ufficio insieme al senatore. A casa il senatore confessa alla moglie di averla tradita. Abby intanto sta facendo un'indagine molto divertente per scoprire chi le ha rubato la tortina e scopre che è stato McGee, il quale si becca, all'istante ben due scappellotti, il primo da Ziva ed il secondo da Tony. Gibbs a casa sua riceve la visita della moglie del senatore che gli dice che pure essendo arrabbiata con il marito è convinta che un Marine non avrebbe mai sparato alle spalle di un altro Marine e per di più donna. Viene trovato morto il braccio destro del senatore, con una lettera di spiegazioni per il suo suicidio ed un computer su cui era stato appena inserito un programma che riproduce la voce. Caso risolto, almeno all'apparenza, ma non per il team di Gibbs, che continua ad indagare contro la volontà del Direttore Vance. Infatti alla conferenza stampa del senatore, Gibbs arresta la moglie del senatore che ha ucciso il capitano di corvetta McClellan per gelosia, Gibbs non aveva mai detto alla moglie del senatore che al capitano di corvetta McClellan avevano sparato alla schiena ed inoltre arresta anche il senatore che ha commesso l'altro omicidio, quello del braccio destro del senatore, per incolpare qualcun altro.