Il Team Flare sembra battuto, almeno per ora: Lem ha distrutto a caro prezzo il loro sistema di controllo, ma la lotta di Alan e Ash contro Elisio è a un punto morto. Intanto, mentre i cattivi si ritirano, anch’egli scompare nel nulla, con la promessa che il suo nuovo mondo si realizzerà presto. Nel frattempo, Marin e Serena salvano Chespie, ma poco dopo assistono alla terrificante scena del suo assorbimento nella misteriosa Roccia Gigante che assume un aspetto simile a Zygarde! Quindi questa inizia a muoversi, puntando alla Meridiana di Fluxopoli, in cerca di ulteriore energia.