Dopo la distruzione dell'Haven, Gordon investiga per trovare il colpevole, mentre la gente di Gotham mostra segni di furia incontrollabile per quanto successo. Gordon sospetta prima di Oswald poi di Barbara, nonostante entrambi neghino con fermezza di centrare qualcosa, non potendo mai fare una cosa simile; Cobblepot decide di collaborare con la polizia al fine di trovare il responsabile dell'esplosione. Seguendo una pista trovata da Barbara, viene quindi catturato Victor Zsasz, nonostante lui affermi di non c'entrare nulla. Nel frattempo Edward ha un altro blackout e si sveglia con una scritta semicancellata sulla mano. Cercando di riconoscerla, giunge alla conclusione sia un indizio relativo a un detenuto del Blackgate ma, mentre cerca di recuperare i suoi fascicoli al GCPD, viene sorpreso da Lucius; quest'ultimo accetta di dargli la cartella se prima lo aiuterà a far luce sulla distruzione dell'Haven.