여행에서 돌아와 닌자 3차대전에 참전한 지라이야는 츠나데 오로치마루와 함께 나뭇잎마을 전설의 세 닌자로 불리며 혁혁한 공을 세운다. 그러던 중 비마을에서 야히코 코난 나가토 전쟁고아 세명을 만나고 지라이야는 그들이 자립할 때까지 함께 생활하게 된다. 나가토에게서 신화 속 이야기로만 생각했던 윤회안을 보고 그가 예언속의 변혁자라 생각한 지라이야는 3년간 아이들에게 인술을 가르치고 떠난다. 다시 전쟁에 참가한 지라이야는 아이들의 죽었다는 소식을 듣고 슬퍼하고 4대 호카게 미나토의 공으로 마침내 긴 전쟁은 막을 내린다. 그리고 아이를 가진 미나토는 지라이야의 처녀작 ‘근성닌자전’에 나오는 주인공의 이름 ‘나루토’를 따서 자신의 아이 이름으로 삼겠다고 한다.