De film begint met de Phoenix die de verhalen en hoop van Astro Boy opnieuw vertelt. Veel van de beelden zijn rechtstreeks afkomstig uit de tv-serie uit de jaren 80, waarin enkele van zijn avonturen worden samengevat. Na deze samenvatting confronteert Astro Boy Blue Bon en probeert hem ervan te overtuigen van gedachten te veranderen over de mensen. Maar Blue Bon begrijpt het verkeerd, in de veronderstelling dat als Astro Boy het er niet mee eens is, hij een vijand is. Blue Bon heeft een hekel aan mensen omdat ze zijn familie (Maria en Tonto) uit elkaar hebben gehaald. Er begint een gevecht tussen de twee nadat Astro Boy er niet in slaagt Blue Bon ervan te overtuigen dat ze niet elkaars vijand zijn.