Kenta, een Pokemon-meester in wording, ontmoet zijn jeugdvriendin, Marina, in een Pokemon Center om te zien hoe hun vaardigheden zich hebben ontwikkeld. Hun gevecht wordt onderbroken door een onweersbui en de komst van Bashou en Buson, twee Rocket-dan-leden die het Crystal System gebruiken (dat Pokemon van het type Electric aantrekt). Hun uiteindelijke doel is om, onder begeleiding van professor Shiranui, Pokemon terug te brengen naar Sakaki. Kenta en Marina stuiten op dit plan en proberen het te stoppen, maar het wordt moeilijker wanneer de legendarische Pokemon Raikou wordt gevangengenomen.