De plot concentreert zich op een aantal 'operaties', de Sapphire en Steel uit de titel. Er wordt in de loop van de serie heel weinig onthuld over hun missie, maar ze zijn blijkbaar vastbesloten om de orde en integriteit van tijd of ruimtetijd te behouden. In de serie wordt uitgelegd dat Tijd als een gang is die alles omringt, maar dat er zwakke punten zijn in het ruimte-tijd continuüm waar Tijd – een potentieel kwaadaardige kracht – het heden kan binnendringen en iets kan stelen. Er zijn ook wezens uit het begin en het einde der tijden die door de gang dwalen op zoek naar dezelfde zwakke punten, in een poging te ontsnappen.