De drie zussen Michelle, Maggie en Anita wonen samen in Hong Kong en runnen een detectivebureau genaamd “Detective Agency: The Three Sisters”. Bovendien zijn ze alle drie papiergebruikers, wat betekent dat ze papier naar eigen inzicht kunnen manipuleren. Op een dag worden de drie ingehuurd als lijfwachten voor de jonge schrijver Nenene Sumiregawa, waarna de drie in Nenene's appartement in Tokio belanden. Van daaruit accepteren ze orders van de mysterieuze Dokusensha-organisatie, namens wie ze oude boeken moeten terughalen.