In Japan zijn in de nabije toekomst mensen met paranormale krachten, bekend als "Esper", erin geslaagd om samen te leven met de "normale" bevolking. Sommigen gebruiken hun macht echter op een criminele manier. De regering heeft daarom een speciale eenheid opgericht om deze vorm van criminaliteit te bestrijden. Deze cel bestaat uit drie jonge meisjes, niveau 7, met een heel bijzonder karakter en die doen wat ze willen. Ze staan onder het bevel van hun leider, Minamoto, die moeite heeft om van zich te laten horen.