Het verhaal speelt zich af in Japan aan het begin van de 21e eeuw, in een alternatieve realiteit waar het Tokugawa-shogunaat aan de macht is gebleven. In deze realiteit hebben studentenraden de taak om scholen te onderdrukken. Yagyuu Muneakira is een middelbare scholier die in opstand komt tegen zijn studentenraad met de hulp van meisjes aan wie de namen van beroemde samurai helden zijn doorgegeven.