Professor Sycamore en Alexa onderzoeken een paar ruïnes, waar ze een stenen standbeeld van een vrouw genaamd Aila ontdekken. Een paar documenten over Kalos onthullen dat Aila’s ware liefde, Jan, geprobeerd heeft om de Vernietiging Pokémon Yveltal te verslaan. Als hij faalt, wordt het land ontdaan van al het leven, veranderd Yveltal in een cocon en Aila in steen. Jan vervolgt zijn zoektocht naar de Leven Pokémon Xerneas die het dorre land weer vruchtbaar kan maken. Helaas kan hij Aila niet helpen. Als de Kalos regio hopeloos uit evenwicht is, verschijnt de Orde Pokémon Zygarde om het land te herstellen. En jan blijft bij Aila, terwijl de levenscyclus en vernietiging wordt voortgezet.