Kaijudo is het verhaal van Raiden Pierce-Okamoto, ook bekend als Ray, een getalenteerde 14-jarige jongen, en de twee werelden waarin hij leeft. De ene is de echte wereld die veel lijkt op de onze, en de andere is een fantastische wereld van wezens, een parallelle wereld die bestaat uit vijf beschavingen, alleen zichtbaar voor een paar uitverkorenen...