Er is een stadslegende die vertelt over een shinigami die mensen kan verlossen van de pijn die ze lijden. Deze 'Engel des Doods' heeft een naam: Boogiepop. En de legendes zijn waar. Boogiepop is echt. Wanneer er een uitbarsting van verdwijningen uitbreekt waarbij vrouwelijke studenten betrokken zijn bij Shinyo Academy, gaan de politie en de faculteit ervan uit dat ze gewoon een stel weglopers in handen hebben. Toch weten sommige studenten het beter. Er is iets mysterieus en smerigs aan de hand. Is het Boogiepop of iets nog sinister...?