Nadat hij Last Order heeft gered en vervolgens een kogel in zijn hoofd heeft gekregen, rust de beste esper van Academy City in het ziekenhuis. Maar het herstel van Accelerator wordt afgebroken wanneer een mysterieus meisje met een foto van zijn kleine kloongenoot om hulp vraagt. Nu nemen ze het op tegen Disciplinaire Actie: een coalitie tegen het kwaad wiens duistere plannen Last Order, Academy City en zelfs de hele wereld bedreigen!