Tatsumiyajima to zwyczajna wyspa, na której zwyczajni ludzie prowadzą swoje zwyczajne życie. Dzieciaki chodzą do zwyczajnej szkoły, wiedząc, że nic nie zakłóci ich zwyczajnego życia. Tak przynajmniej ich uczono, ale prawda okazała się zupełnie inna. W rzeczywistości ludzkość stoi na skraju zagłady wywołanej przez Festum, tajemniczego i niepokonanego wroga z innego świata. Sama wyspa okazuje się ogromną, zaawansowaną technicznie i ukrytą przed resztą świata fortecą, która jest ośrodkiem testowym Fafnerów - zaawansowanych mechów bojowych, będących ostatnią nadzieją na przetrwanie ludzkości. Z tego powodu, Tatsumiyajima jest głównym celem zarówno dla wroga jak i dla ludzi z kontynentu, którzy pragną wykorzystać ukrytą technologie dla własnych celów.