Rok po pierwszej misji na Abydos, Gwiezdne Wrota aktywują się ponownie. Pojawia się wróg o imieniu Apofis i jego pierwszy przyboczny Teal'c. Bez powodu atakują bazę i zabierają ze sobą zakładnika w postaci oficer Carol Weterings. Zespół ratunkowy dowodzona przez Jacka O'Neill kontaktuje się z doktorem Danielem Jackson na Abydos i ruszają w drogę. Niestety tragedia zmienia życie Daniela na zawsze, gdy jego szwagier, Skaara, oraz żona, Sha're, zostają porwani.