Patru țestoase mici expuse la produse radioactive în canalele din New York au suferit mutații și au devenit creaturi inteligente. Antrenați în arte marțiale de maestrul lor Splinter, Țestoasele Ninja ies noaptea pentru a se asigura că justiția domnește. O nouă amenințare numită Dragon Lord sosește și îi obligă să intervină.