รายงานจาก POD 153 ไม่เพียงแค่หน่วย YoRHa บนพื้นโลก แต่ใน "บังเกอร์" ก็ได้รับการติดเชื้อจากเครื่องจักรมีชีวิตกันหมด จึงเปิดใช้โปรแกรมระเบิดตัวเอง บังเกอร์บนฐานดาวเคราะห์ที่ 13 พังทลาย ทูบีและไนน์เอสรอดจากการติดเชื้อ หลบหนีออกมาสำเร็จ และกำลังจะดิ่งตัวสู่พื้นโลก ค้นหาหน่วย YoRHa ที่รอดชีวิต เพื่อดำเนินภารกิจให้สำเร็จ