小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所,在苏菲的治疗下,呱呱泡蛙逐渐恢复健康,布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。布拉塔诺博士带小智、希特隆与柚丽嘉参观研究所,谈到自己研究宝可梦的进化,并谈到超进化的可能性,他的烈咬陆鲨就是他的研究的对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队,伪装成研究人士进入研究所,并趁机将控制宝可梦的装置丢向呱呱泡蛙,烈咬陆鲨挺身而出而遭受装置控制,痛苦难当的烈咬陆鲨开始发狂攻击,破坏研究所与炸飞火箭队后,便冲至密阿雷市的街上四处破坏,最后爬上了棱镜塔。小智与呱呱泡蛙为拯救烈咬陆鲨也爬上棱镜塔,但烈咬陆鲨依然不断攻击,就在即将从塔顶跌落的时候,呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陆鲨的双脚,皮卡丘也趁势用铁尾打破控制装置,烈咬陆鲨才终于恢复。皮卡丘却不小心从塔顶坠落,小智奋不顾身跳下抱住皮卡丘,此时火焰鸡现身救了小智与皮卡丘,事情才圆满落幕。为表达感谢,布拉塔诺博士将卡洛斯地方的宝可梦图鉴送给小智,小智也收服了想一起旅行的呱呱泡蛙,准备踏上旅程。