In Clow Country, la principessa Sakura, innamorata del giovane Shaloan, soccombe a un misterioso male che frantuma la sua anima in mille frammenti, sparsi in più mondi paralleli. La vita di Sakura ora dipende da Shaolan. Per salvarla, quest'ultimo fa un patto con il misterioso Yuko, che potrebbe benissimo aiutarlo a trovare i frammenti dell'anima.