Giovanni arriva a Roma e consegna la lettera come ordinato, che passa tra le mani della folla fino a raggiungere Borgia. Egli quindi va al Vaticano, dove consegna la lettera al papa Sisto IV. I due uomini discutono sul fatto che Lorenzo de' Medici non vuole riconosce l'autorità del papa; quando Borgia suggerisce l'utilizzo della forza, il papa accetta e offre il suo aiuto spirituale e il supporto militare per assicurare l'ordine a Firenze. Tuttavia, quando Borgia si allontana, è seguito da Giovanni. Ma Borgia riesce a seminarlo, e a scampare all'interno della basilica di San Pietro ancora in costruzione. Quando Giovanni cerca all'interno viene sfidato da Borgia. Borgia apprezza le qualità di Giovanni, che sarebbe molto lieto di avere dalla sua parte, e dice all'assassino che se si unirà a loro, potrà vedere il 'nuovo mondo'. Quando Giovanni rifiuta, e ricorda che l'unica fine sarà la lama di un Assassino nella sua gola, Borgia quindi dice "Staremo a vedere!", e ordina ai suoi uomini di attaccare. Giovanni combatte coraggiosamente e sconfigge gli assalitori, ma viene colpito al petto da un coltello lanciato da Borgia. Anche se sopravvive, Borgia riesce a scappare. Ferito gravemente, Giovanni ritorna a casa a Firenze, dove sua moglie lo cura. Giovanni le confessa le sue paure ovvero che l'assassinio del duca di Milano sia solo l'inizio di una cospirazione, che il prossimo passo potrebbe essere compiuto a Firenze e che teme per la sicurezza dei Medici, i loro alleati e se stesso. Successivamente, alcuni uomini armati della guardia cittadina alla guida di padre Maffei, arrivano a Palazzo Auditore chiedendo di Giovanni. Egli quindi chiede al suo primogenito Federico di dire che se ne è già andato, quindi scappa attraverso il passaggio segreto. Tornato a Roma, Borgia e i suoi seguaci Templari riconoscono che la maggiore minaccia ai loro piani è Giovanni: tuttavia, egli dice che ci penserà lui stesso a quell'assassino, così niente ostacolerà più il loro cammino. Di nuovo a Firenze, Giovanni passa attraverso le strade (facendo una pausa solo per vedere Ezio flirtare con una giovane donna della nobiltà), monologando che nuvole oscure si addensano sopra il cielo di Firenze e che il tempo sta per scadere: la battaglia finale è alle porte. Egli ricorda che qualunque cosa accada, lui stesso e i suoi figli sono "Gli Auditore da Firenze"