Anakin Skywalker i Obi-Wan Kenobi dowodzą siłami Republiki, próbując pokonać armie droidów i uwolnić planetę Christophsis z oblężenia Separatystów. Kiedy Republika wpada w zasadzkę i zostaje zmuszona do odwrotu, staje się jasne, że ktoś pośród nich zaatakował ich. Jedi wierzą, że ta infiltracja jest operacją wspieraną przez Sithów i udają się za linie wroga, aby zbadać sprawę. Tymczasem kapitan Rex i komandor Cody wyruszają, by odkryć wśród nich zdrajcę.