Cіндзі перемагає Аску в тесті на синхронізацію, що дуже її дратує. Незабаром після цього EVA відправляються, щоб розібратися з таємничим привидом, і EVA-01 засмоктує темноподібна темрява, яка матеріалізується нізвідки. Поки готується екстрена операція з порятунку захопленої EVA-01, Сіндзі вирушає в подорож у глибини власної свідомості...