三人的转属命令,令一直支持大天使号的机组人员开始动摇。一波未平,一波又起,大天使号被命令离开所属的第8舰队,加入阿拉斯加总部的驻守队伍。对于宇宙母舰要驻守地球一事,舰上成员不禁心生疑虑。 另一方面,札夫特军在卫星轨道、地面基地,以及在海中航行的潜水舰,陆续完成布防。最高评议会议长萨拉表示,为了早日结束战争,最终决定发动「割喉作戰行動」。这次作战的真正目标,并不是当初预定的巴拿马,而是地球军总部所在地阿拉斯加。 然而,负责迎击的阿拉斯加总部,却设下了空城计。无视转职命令而返回总部的穆,遇上潜入了这个无人基地的克鲁泽,二人发生激烈枪战。但克鲁泽只是一味地逃走,途中更掳走了偶然遇上的芙蕾,然后逃出基地。 一直在克莱因府疗伤的基拉,为了守护阿拉斯加的同伴,以及寻找战斗的意义,决定返回地球。拉克丝交给他一样东西,那就是「新剑」,即札夫特开发的最新锐MS自由高达!